Caracterización clínica y microbiológica de pacientes con trazas en Xpert MTB/RIF Ultra / Clinical and microbiological characterization of patients with Xpert MTB/RIF Ultra traces

INTRODUCCIÓN: El Xpert MTB/RIF Ultra (Ultra) ha mejorado dramáticamente el diagnóstico de la tuberculosis (TBC). Con él ha nacido la categoría de trazas, que es la menor carga bacilar detectable por este examen. OBJETIVO: Describir las características clínicas de los pacientes con presencia de trazas en el Ultra y evaluar la confirmación de la TBC como diagnóstico clínico. MATERIALES Y MÉTODOS: Estudio descriptivo de serie de casos. Se extrajo la información de fichas clínicas de pacientes con positividad a trazas. Se confrontaron datos clínicos, microbiológicos e histopatológicos. RESULTADOS: Se analizaron 21 pacientes. La edad promedio fue de 52 años. Todos los casos presentaron baciloscopias negativas. Cuatro cultivos en medio líquido MGIT fueron positivos, dos en pleura parietal, uno en líquido pleural y otro en expectoración. En pleura parietal, tres casos presentaron granulomas con necrosis caseosa y un granuloma esbozos de necrosis. En tejido pulmonar se observaron dos casos con granulomas con esbozos de necrosis y dos con granulomas no necrotizantes. Tres pacientes tenían el antecedente de TBC previa, se interpretó la positividad de trazas en ellos como falsos positivos. Finalmente se diagnosticaron 13 casos como TBC activa, donde cinco de ellos fueron TBC pleurales. La mayor concordancia clínica, microbiológica e histopatológica fue en muestras de líquido y tejido pleural. DISCUSIÓN: Se debe interpretar con cautela los hallazgos de esta prueba en muestras de vía aérea; el análisis multidisciplinario (clínica, imágenes, microbiología, histología) es crucial en las decisiones de nuestras conductas clínicas futuras. El hallazgo de trazas en pleura tiene, a nuestro parecer, un alto valor diagnóstico en el estudio de la tuberculosis en esta localización.

INTRODUCTION: Xpert MTB/RIF Ultra has dramatically changed the diagnosis of tuberculosis. A new category called traces appeared, which is the smallest amount of bacillar load detectable. OBJECTIVE: Describe the clinical characteristics of patients that present traces in Xpert MTB/RIF Ultra test, and to evaluate the confirmation of tuberculosis as clinical diagnosis. METHODS: We perform a descriptive case series study. Information was recovered from clinical records of patients with positive test for traces. Clinical, histopathological and microbiological results were confronted. RESULTS: Twenty one patients were analyzed. The mean age was 52 years-old. All cases had negative smear microscopy and four MGIT cultures were positive, two in pleural fluid and another in sputum. In parietal pleura, three cases presented granulomas with caseous necrosis, and one showed granuloma with very little necrosis. In pleural tissue we observed two cases of granulomas with traces of necrosis and two with non-necrotizing granulomas. Three patients had history of previous tuberculosis and positive traces, the test was interpreted as a false positive result. Finally, active tuberculosis was diagnosed in 13 cases, and five of them were pleural tuberculosis. The highest clinical, microbiological and histopathological agreement was in fluid and pleural tissue samples. DISCUSSION: The findings of Xpert MTB/RIF Ultra in airway samples must be interpreted carefully. Multi-disciplinary analysis is crucial in future clinical decisions. The finding of traces in pleura has, in our opinion, a high diagnostic value in the study of tuberculosis in this location.

Demanda de culturas microbiológicas e prevalência de microrganismos em um hospital universitário de Pernambuco / Demand for microbiological cultures and prevalence of microorganisms in a university hospital of Pernambuco / Demanda de culturas microbiológicas y prevalencia de microrganismos en un hospital universitario de Pernambuco

Objetivo: verificar a demanda de hemoculturas, aspirados traqueais e uroculturas realizadas no HU-UNIVASF/ EBSERH e a prevalência dos microrganismos identificados no período de janeiro a junho de 2016. Métodos: estudo retrospectivo documental com abordagem quantitativa. Resultados: o setor de microbiologia realizou 488 hemoculturas, 427 uroculturas e 197 aspirados traqueais. A positividade de hemoculturas mostrou-se entre 10,9 à 25,7%, e o percentual de contaminações variou de 6,8 à 14,0%. Os microrganismos mais prevalência nas hemoculturas foram Staphylococcus epidermidis (23,7%), Staphylococcus aureus (19,3%) e Klebisiella pneumoniae (9,6%). Nas uroculturas foram Klebisiella pneumoniae (23,1%), Candida sp. (13,5%) e Escherichia coli (12,5%). Nos aspirados traqueais foram Acinetobacter baumannii (29,2%), Pseudomonas aeruginosa (26,6%) e Staphylococcus aureus (16,2%). Conclusão: a cultura mais solicitada foi hemocultura. A bactéria mais prevalente nas hemoculturas foi Staphylococcus epidermidis, nos aspirados traqueais Acinetobacter baumannii e nas uroculturas Klebisiella pneumoniae

Objective: the study's purpose has been to verify the demand for blood cultures, tracheal aspirates and urine cultures performed at a University Hospital from the Universidade Federal do Vale do São Francisco (HU-UNIVASF/EBSERH), as well as the predominance of microorganisms identified over the period from January to June 2016. Methods: it is a retrospective documentary study with a quantitative approach. Results: the microbiology sector carried out 488 blood cultures, 427 urine cultures and 197 tracheal aspirates. The positivity of blood cultures was between 10.9 and 25.7%, and the percentage of contaminations ranged from 6.8 to 14.0%. The most prevalent microorganisms in blood cultures were Staphylococcus epidermidis (23.7%), Staphylococcus aureus (19.3%) and Klebsiella pneumoniae (9.6%). In urine cultures were Klebsiella pneumoniae (23.1%), Candida sp. (13.5%) and Escherichia coli (12.5%). In tracheal aspirates were Acinetobacter baumannii (29.2%), Pseudomonas aeruginosa (26.6%) and Staphylococcus aureus (16.2%). Conclusion: the most requested culture was blood culture. The most prevalent bacterium in blood cultures was Staphylococcus epidermidis, in tracheal aspirates was Acinetobacter baumannii, and in urine cultures was Klebsiella pneumoniae

Objetivo: el propósito del trabajo es verificar la demanda de hemocultivos, aspirados traqueales y urocultivos realizados en el Hospital Universitário de la Universidade Federal do Vale do São Francisco (HU-UNIVASF/ EBSERH) y la prevalencia de los microorganismos identificados en el período de enero a junio de 2016. Métodos: este trabajo es un estudio retrospectivo documental con abordaje cuantitativo. Resultados: el sector de microbiología realizó 488 hemocultivos, 427 urocultivos y 197 aspirados traqueales. La positividad de hemocultivos se mostró entre el 10,9 al 25,7%, y el porcentaje de contaminaciones varía de 6,8 a 14,0%. Los microorganismos más prevalentes en los hemocultivos fueron Staphylococcus epidermidis (23,7%), Staphylococcus aureus (19,3%) y Klebsiella pneumoniae (9,6%). En los urocultivos fueron Klebisiella pneumoniae (23,1%), Candida sp. (13,5%) y Escherichia coli (12,5%). En los aspirados traqueales fueron Acinetobacter baumannii (29,2%), Pseudomonas aeruginosa (26,6%) y Staphylococcus aureus (16,2%). Conclusión: la cultura más solicitada fue hemocultivo. La bacteria más prevalente en los hemocultivos fue Staphylococcus epidermidis, en los aspirados traqueales, Acinetobacter baumannii y en los urocultivos, Klebisiella pneumoniae

Desarrollo de marcadores moleculares del tipo SCAR para la identificación de Azospirillum brasilense Az39 / Development of sequence characterized amplified región markers for identification of Azospirillum brasilense Az39

Resumen Azospirillum brasilense Az39 es utilizada por empresas productoras de inoculantespara la formulación de bioinsumos en América del Sur desde hace más de 30 a˜nos. Esta cepapuede promover el crecimiento, desarrollo, así como la capacidad de tolerar diferentes tiposde estrés en las plantas inoculadas, lo que determina un aumento de la productividad de culti-vos de interés agronómico. En la actualidad, no existen protocolos en Argentina que permitanconfirmar la identidad de Az39 en productos comerciales a nivel de laboratorios de control decalidad de inoculantes. Por ello, el objetivo de este trabajo fue desarrollar una metodología enbase molecular que permita la identificación certera de A. brasilense Az39. Con la secuenciacompleta del genoma y mediante herramientas bioinformáticas, se pudieron reconocer frag-mentos de ADN presentes únicamente en el genoma de Az39. Se dise˜naron cebadores dirigidosa amplificar por PCR dichas secuencias. Como resultado se observaron los productos específicosúnicamente en la presencia de la cepa de interés. La reacción pudo detectar un título mínimode 105UFC/ml (4,5 ng/l ADN) o de 102UFC/ml (0,88 ng/l ADN) o una concentración mínimade 0,098 ng/l ADN, dependiendo del método de extracción utilizado. Los cebadores fueronevaluados en el análisis de productos comerciales obtenidos del mercado nacional, arrojandoresultados positivos, tanto en muestras directas como así también en pruebas confirmatoriasa partir de colonias aisladas de tales productos. La metodología desarrollada en este trabajo,permite la detección certera de A. brasilense Az39 en cultivos puros o mezclas complejas demicroorganismos.

Abstract Azospirillum brasilense Az39 has been used since more than 30 years by several companies in South America for biofertilizers production. This strain may promote plants growth and development, as well as the ability of inoculated plants to tolerate environmental stresses, which determines an increase in the productivity under field conditions. At present, there are no protocols in Argentina to confirm the identity of Az39 in commercial products; however, such biofertilizers are formulated almost exclusively with this strain. Therefore, the objective of this paper was to develop a molecular methodology that allows the accurate identification of A. brasilense Az39. Using the complete genome sequence and several bioinformatics tools, fragments of DNA present only in the Az39 genome were recognized. A set of PCR primers to amplify these sequences were designed, and the specific products were observed only in the strain of our interest. The sensitivity of the methodology was evaluated, where the strain could be detected up to a titer of 105 CFU/ml (4.5 ng/pl ADN) or 102 CFU/ml (0.88 ng/pl DNA) or in a minimal concentration of 0.098 ng/pl DNA, depending on the DNA extraction methodology used. Primers were tested against direct samples of commercial inoculants and cultures, in both cases there were specifics products, both in direct samples and in confirmatory tests from isolated colonies from those products. The procedure presented in this paper allows the accurate identification of A. brasilense Az39 in pure cultures, mixtures of microorganisms, and commercial biofertilizers.

Biochemical identification techniques and antibiotic susceptibility profile of lipolytic ambiental bacteria from effluents / Técnicas de identificação bioquímica e perfil de suscetibilidade antibiótica de bactérias ambientais lipolíticas de efluentes

Abstract Different methodologies have been developed throughout the years to identify environmental microorganisms to improve bioremediation techniques, determine susceptibility profiles of bacteria in contaminated environments, and reduce the impact of microorganisms in ecosystems. Two methods of bacterial biochemical identification are compared and the susceptibility profile of bacteria, isolated from residential and industrial wastewater, is determined. Twenty-four bacteria were retrieved from the bacteria bank of the Environmental Microbiology Laboratory at the Institute of Biology (IB) of the Universidade Federal de Pelotas, Pelotas, Brazil. Bacteria were identified by conventional biochemical tests and by the VITEK ®2 automated system. Further, the susceptibility profile to antibiotics was also determined by the automated system. Six species of bacteria (Raoutella planticola, K. pneumoniae ssp. pneumoniae , Serratia marcescens, Raoutella sp., E. cloacae and Klebsiella oxytoca) were identified by conventional biochemical tests, while three species of bacteria (K. pneumoniae ssp. pneumoniae, S. marcescens and K. oxytoca ) were identified by VITEK®2 automated system. VITEK ®2 indicated agreement in 19 (79.17%) isolates and difference in five (20.83%) isolates when compared to results from conventional biochemical tests. Further, antibiotic susceptibility profile results showed that all isolates (100%) were resistant to at least one out of the 18 antibiotics tested by VITEK®2. Thus, no multi-resistant bacteria that may be used in effluent treatment systems or in bioremediation processes have been reported. Results indicate VITEK ® 2 automated system as a potential methodology in the determination of susceptibility profile and identification of environmental bacteria.

Resumo Diferentes metodologias foram desenvolvidas ao longo dos anos para identificar microrganismos ambientais para melhorar as técnicas de biorremediação, determinar perfis de suscetibilidade de bactérias em ambientes contaminados e reduzir o impacto de microrganismos nos ecossistemas. Dois métodos de identificação bioquímica bacteriana são comparados e o perfil de susceptibilidade de bactérias, isoladas de efluentes residenciais e industriais, é determinado. Vinte e quatro bactérias foram coletadas do banco de bactérias do Laboratório de Microbiologia Ambiental do Instituto de Biologia (IB) da Universidade Federal de Pelotas, Pelotas, Brasil. As bactérias foram identificadas por testes bioquímicos convencionais e pelo sistema automatizado VITEK®2. Além disso, o perfil de suscetibilidade aos antibióticos também foi determinado pelo sistema automatizado. Seis espécies de bactérias (Raoutella planticola , K. pneumoniae ssp. pneumoniae, Serratia marcescens, Raoutella sp., E. cloacae e Klebsiella oxytoca) foram identificadas por testes bioquímicos convencionais, enquanto três espécies de bactérias (K. pneumoniae ssp. pneumoniae, S. marcescens e K. oxytoca) foram identificados pelo sistema automatizado VITEK®2. VITEK®2 indicou concordância em 19 (79,17%) isolados e diferença em cinco (20,83%) isolados quando comparados aos resultados de testes bioquímicos convencionais. Além disso, os resultados do perfil de suscetibilidade aos antibióticos mostraram que todos os isolados (100%) foram resistentes a pelo menos um dos 18 antibióticos testados pelo VITEK®2. Assim, não foram relatadas bactérias multirresistentes que possam ser usadas em sistemas de tratamento de efluentes ou em processos de biorremediação. Os resultados indicam que o sistema automatizado VITEK ® 2 é uma metodologia potencial na determinação do perfil de suscetibilidade e identificação de bactérias ambientais.

Caracterização físico-química e microbiológica da carne bovina moída comercializada em supermercados de Barra do Garças-MT / Physical-chemical and microbiological characterization of bovine meat commercialized in supermarkets of Barra do Garças-MT

O presente trabalho teve como objetivo avaliar a qualidade físico-química e microbiológica da carne íntegra e moída em supermercados da cidade de Barra do Garças - MT. Observou-se que 60% das amostras de carne íntegra e moída avaliadas estavam impróprias para o consumo conforme a legislação vigente, por apresentar Salmonella sp. Foi possível detectar também contagens elevadas de coliformes a 30°C, coliformes termotolerantes e presença de E. coli em todas as amostras de carne íntegra e moída, indicando que houve práticas higiênicos-sanitárias precárias. Dos cinco parâmetros de qualidade físico-química, apenas o tempo de filtração detectou amostras fora do prescrito na legislação no qual rejeitou-se 40% das amostras carne (íntegra e moída). Portanto, é necessária a adoção de medidas educativas para os manipuladores de alimento, bem como a implantação de boas práticas de higiene nos estabelecimentos como forma de reduzir os riscos de contaminação dos alimentos comercializados.

Adaptação de Staphylococcus aureus ao óleo essencial de Cinnamomum cassia / Adaptation of Staphylococcus aureus to Cinnamomum cassia essential oil

O objetivo deste trabalho foi avaliar a capacidade de adaptação de Staphylococcus aureus ao óleo essencial (OE) de canela cássia (Cinnamomum cassia). Primeiro determinou-se a Concentração Mínima Bactericida (CMB) do OE de C. cassia utilizando a técnica de microdiluição. Em seguida as células de S.aureus foram expostas a concentrações subletais do OE de C. cassia(CMB/4 e CMB/8) por um período de 6h e testadas frente a diferentes concentrações do OE (CMB/2; CMB; 1,2CMB; 1,4CMB; 1,6CMB; 1,8CMB e 2CMB), estas foram incubadas e plaqueadas em TSA (Ágar Triptona de Soja) empregando a técnica de microgotas. As células de S.aureus apresentaram uma nova CMB, maior que a anterior, portanto foram classificadas como capazes de se adaptarem ao OE de C. cassia. Após a exposição a concentrações subletais do OE, a CMB foi de 0,0744%. Os resultados evidenciam a importância de se utilizar a concentração adequada do antimicrobiano para evitar a adaptação do microrganismo.

Análise de coliformes termotolerantes e Salmonella spp. em abóboras minimamente processadas / Analysis of fecal coliforms and Salmonella spp. in minimally processed pumpkins

O consumo dos vegetais minimamente processados cresce cada dia mais devido a praticidade que o produto traz à vida das pessoas. O objetivo deste trabalho foi analisar a qualidade microbiológica de abóboras minimamente processadas comercializadas em hipermercados da cidade de João Pessoa, Paraíba. A pesquisa foi realizada com doze amostras de abóboras minimamente processadas. As análises microbiológicas foram realizadas para coliformes termotolerantes (45° C) e Salmonella spp. e os resultados foram comparados com os padrões legais vigentes. Verificou-se que a maioria das amostras apresentaram valores <3 NMP/g para coliformes a 45º C e ausência de Salmonella spp. em todas elas, estando assim, de acordo com os padrões legais vigentes. As abóboras foram considerados próprias para o consumo humano.

Análise de coliformes termotolerantes e Salmonella spp. em acelgas minimamente processadas / Analysis of fecal coliform and Salmonella spp. in minimally processed chards

O setor de hortaliças frescas minimamente processadas constitui um segmento da agroindústria em rápido crescimento. O objetivo desta pesquisa foi analisar a qualidade microbiológica de acelgas minimamente processadas comercializadas em hipermercados da cidade de João Pessoa, Paraíba. A pesquisa foi desenvolvida com doze amostras de acelgas minimamente processadas através das seguintes análises microbiológicas: coliformes termotolerantes (45° C) e Salmonella spp. Os resultados foram comparados com os padrões legais vigentes, onde observou-se que as amostras apresentaram valores <3 NMP/g para coliformes a 45º C e ausência de Salmonella spp. em todas elas. Sendo assim verificou-se que as condições higiênico-sanitárias das acelgas comercializadas em hipermercados de João Pessoa são recomendadas para o consumo humano.

Atividade antimicrobiana de óleos essenciais de diferentes especiarias / Antimicrobial activity of essential oils of different spices

As especiarias são utilizadas na alimentação, conferindo sabor e conservação prolongada aos alimentos, pois apresentam propriedades antimicrobianas provenientes dos óleos essenciais de sua constituição. O objetivo deste estudo foi avaliar a atividade antimicrobiana dos óleos essenciais de cravo, louro, manjericão, noz moscada e orégano frente a seis bactérias patogênicas e deteriorantes por meio da técnica de difusão em poços e determinação das Concentrações Inibitória Mínima (CIM) e Bactericida Mínima (CBM). O óleo essencial de orégano evidenciou forte atividade antibacteriana (CIM 50 - 800 μg.mL-1), seguido do cravo (CIM 800 - 3200 μg.mL-1), com atividade moderada para todos os microrganismos. Os outros óleos apresentaram baixa ação (CIM 400 - 3200 μg.mL-1), não apresentando atividade sobre todos as bactérias. Desta forma os óleos essenciais de cravo e orégano apresentaram melhor atividade antibacteriana e se apresentam como promissores para a aplicação e uso em alimentos.

Avaliação microbiológica de cookies elaborados com adição do resíduo seco da casca de abacaxi / Evaluation microbiological of cookies prepared with added of residue dry from pineapple peels

A produção de alimentos utilizando subprodutos agroindustriais como a casca de abacaxi enquanto uma das matérias-primas é uma alternativa que proporciona seu aproveitamento, além de contribuir para o valor nutricional do produto. O objetivo do presente estudo foi avaliar a qualidade microbiológica de cookies elaborados com adição do resíduo seco da casca do abacaxi, verificando se o produto obedece aos parâmetros microbiológicos exigidos na legislção vigente. Foram elaborados cookies em 4 formulações distintas, variando a quantidade de resíduo empregada. Através da avaliação microbiológica, quantificou-se os microrganismos do grupo Coliformes, Staphylococcus spp., Salmonella sp., bolores e leveduras. Constatou-se que a manipulação, conservação e higiene durante o preparo dos cookies, foi adequada com relação aos padrões estabelecidos pela legislação.

Validation of multiplex PCR for the diagnosis of acute bacterial meningitis in culture negative cerebrospinal fluid / Validação do PCR multiplex para o diagnóstico de meningite bacteriana aguda com cultura de liquido cefalorraquidiano negativa

ABSTRACT This study evaluated the operational characteristics of the multiplex polymerase chain reaction (PCR) for cerebrospinal fluid (CSF) from patients with cellular and biochemical characteristics of acute bacterial meningitis and positive or negative CSF cultures. Methods: Multiplex PCR was performed for 36 CSF samples: culture-proven acute bacterial meningitis (n = 7), culture-negative acute bacterial meningitis (n = 17), lymphocytic meningitis (n = 8), and normal CSF (n = 4). The operational characteristics of multiplex PCR were evaluated with definite and probable bacterial meningitis, using culture positive, cytological and biochemical CSF characteristics as the gold standard. Results: Multiplex PCR for CSF was efficient in the group with CSF cellular and biochemical characteristics of acute bacterial meningitis but with a negative CSF culture. This group demonstrated high specificity, positive predictive value, and efficiency. Conclusions: Multiplex PCR for CSF can improve the speed and accuracy of acute bacterial meningitis diagnosis in a clinical setting as a complement to classical immunological and bacteriological assays in CSF. It is also useful for CSF culture-negative acute bacterial meningitis.

RESUMO Este estudo avaliou as características funcionais da reação em cadeia da polimerase (PCR) multiplex para amostras de líquido cefalorraquidiano (LCR) de pacientes com características celulares e bioquímicas de meningite bacteriana aguda e culturas de LCR positivas ou negativas. Métodos: O PCR multiplex foi realizado em 36 amostras de LCR: meningite bacteriana aguda comprovada por cultura (n = 7), meningite bacteriana aguda com cultura negativa (n = 17), meningite linfocítica (n = 8) e LCR normal (n = 4). As características funcionais do PCR multiplex foram avaliadas para meningite bacteriana definitiva e provável, utilizando cultura positiva, características citológicas e bioquímicas do LCR como padrão-ouro. Resultados: O PCR multiplex do LCR foi eficiente no grupo com características celulares e bioquímicas do LCR de meningite bacteriana, mas com cultura do LCR negativa. Este grupo demonstrou especificidade, valor preditivo positivo e eficiência altos. Conclusões: Os autores concluíram que o PCR multiplex do LCR pode melhorar a velocidade e a precisão do diagnóstico de meningite bacteriana em um ambiente clínico como complemento aos ensaios imunológicos e bacteriológicos clássicos no LCR. Também é útil para meningite bacteriana aguda com cultura de LCR negativa.

Increase in the diagnosis of mycobacteremia after the implementation of semi-automated blood culture at a Brazilian public health laboratory

Abstract INTRODUCTION The prevalence of hematogenous dissemination of mycobacteria is high in immunosuppressed patients. The isolation of mycobacteria in culture remains the standard procedure. METHODS This is a cross-sectional study based on the results of solid (Löwenstein-Jensen medium) and semi-automated liquid (BACTEC 9240) blood cultures, obtained from the Lacen-GO database. RESULTS The implementation of a semi-automated procedure resulted in an increase of 61.5% and 350.0% in the positive results for Mycobacterium tuberculosis complex and nontuberculous mycobacteria, respectively. This technique also accelerated the detection of positive results. CONCLUSIONS Semi-automated liquid blood culture showed a better performance in the diagnosis of mycobacteremia.

Comparison of five methods of extraction of Staphylococcus aureus DNA for molecular detection by PCR

Abstract INTRODUCTION Molecular techniques for the detection of pathogens have been shown to be effective diagnostic tools with high sensitivity and short turnaround times. METHODS This study compared five Staphylococcus aureus DNA extraction methods for detection by the polymerase chain reaction. RESULTS: The concentration and purity of the extracted DNA showed that the methods did not yield DNA of significant quality. However, most protocols yielded 100% positivity, even with low DNA concentrations. CONCLUSIONS: Although one protocol seemed more efficient than the others, PCR was sensitive enough to allow for detection of S. aureus with all the protocols.

Relationship between bacilloscopy and operational classification of Hansen's disease in patients with reactions

Abstract: Leprosy can be classified according to its operational form as paucibacillary or multibacillary. Bacilloscopy integrates its diagnostic armamentarium. Patients with the disease may present leprosy reactions. This study describes the association of bacilloscopy results and the type of operational classification of leprosy in patients with leprosy reactions. Medical records were analyzed at a reference center between 2010 and 2015. Reactions occurred in almost half of the patients, making their identification important. The bacilloscopic and operational characterization indicates a greater occurrence of leprosy reactions in patients with positive bacilloscopy and also in multibacillary.

First molecular typing of Mycobacterium avium subspecies paratuberculosis identified in animal and human drinking water from dairy goat farms in Brazil

Abstract Mycobacterium avium subspecies paratuberculosis, the etiologic agent of Johne's disease or paratuberculosis, was identified by culture and/or polymerase chain reaction (PCR) in 50% and 30% of water samples for animal and human consumption, respectively, from ten dairy goat farms in Brazil. IS1311 restriction fragment length polymorphism analysis identified the isolates as cattle type C.

Identificación de micobacterias en medio sólido mediante microscopía de fase invertida y tinción Ziehl-Neelsen / Mycobacteria identification in solid culture by inverted phase microscopy and ziehl-neelsen stain

RESUMEN Con el objetivo de identificar diferencias morfológicas en colonias de diferentes especies de micobacterias mediante microscopía de fase invertida, se sembraron en medio sólido 7H11, nueve especies de micobacterias patógenas de alta prevalencia y se observaron hasta por 21 días. Adicionalmente se realizaron coloraciones Ziehl-Neelsen (ZN) para cada una de ellas. No se identificó variaciones morfológicas entre las especies cultivadas, sin embargo, se observó que todas fueron capaces de formar cordones en su etapa temprana de crecimiento, siendo corroborado por coloración ZN en Mycobacterium tuberculosis. Asimismo, se determinó ciertas características microbiológicas como tiempo mínimo y la temperatura de crecimiento, y características bacilares basadas en la tinción ZN para cada especie estudiada. Estos hallazgos son importantes para la identificación del agente etiológico y podrían servir de base para estudios posteriores sobre la identificación de las biomoléculas involucradas en la agregación celular de cada micobacteria.

ABSTRACT With the aim of identifying morphological differences in colonies of different species of mycobacteria by means of inverted phase microscopy, nine species of high-prevalence pathogenic mycobacteria were seeded in 7H11 solid medium and were observed for up to 21 days. Additionally, Ziehl-Neelsen (ZN) stains were carried out for each one of them. No morphological variations were identified among the species grown on solid medium; however, it was identified that all are able to form cords in solid medium in an early stage of growth, being corroborated by the Ziehl-Neelsen stain in Mycobacterium tuberculosis. so techniques based on detecting M. tuberculosis depending on the identification of the cords should be taken with caution so as not to generate a bad diagnosis, so microbiological characteristics could also be established as a minimum time to detect growth, temperature of growth and bacillary characteristics based on the Ziehl-Neelsen stain for each species studied.

Matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight: a promising alternative method of identifying the major coagulase-negative Staphylococci species

Abstract INTRODUCTION. This study aimed to evaluate different methods for differentiation of species of coagulase-negative staphylococci (CoNS) that caused infections in hospitalized immunocompromised patients. METHODS. A total of 134 CoNS strains were characterized using four different methods. RESULTS. The results of matrix assisted laser desorption/ionization mass spectrometry (MALDI-TOF MS) analysis were in complete agreement with those of tuf gene sequencing (kappa index = 1.00). The kappa index of Vitek 2® Compact analysis was 0.85 (very good) and that of the conventional method was 0.63 (moderate). CONCLUSIONS . MALDI-TOF MS provided rapid and accurate results for the identification of CoNS (134; 100%).

Evaluación de tres métodos de tamizaje para detección de Enterobacteriaceae productoras de carbapenemasas en hisopados rectales / Evaluation of three screening methods for detection of carbapenemase-producing Enterobacteriaceae in rectal swabs

Resumen Introducción: Las Enterobacteriaceae productoras de carbapenemasas (EPC) han tomado gran importancia en salud pública a una escala global, haciendo necesario implementar test rápidos para su detección oportuna. Objetivo: Evaluar tres metodologías para el tamizaje de EPC en hisopados rectales. Materiales y Métodos: Estudio prospectivo transversal. Se evaluaron 73 hisopados rectales por tres metodologías. Se realizó identificación y evaluación de susceptibilidad por sistemas automatizados y la producción de carbapenemasas se confirmó por test de Hodge modificado, sinergia con ácido borónico y EDTA. Resultados: Método 1 (ChromID CARBA®): detectó 20 muestras positivas (27,4%), 5 falsos positivos (6,9%), con índice de concordancia de 93,2%, sensibilidad 100% y especificidad de 90%. Método 2 (HB&L Carbapenemase®): detectó 17 muestras positivas (23,3%) y 3 falsos negativos (4,1%). La sensibilidad y especificidad fue 85 y 100% respectivamente, con concordancia de 95,9%. Método 3 (Xpert Carba-R®): detectó 19 muestras positivas (57,5 %) y 1 falso negativo (3,1%), sensibilidad 95%, especificidad 100% e índice de concordancia de 97%. Discusión: Existe amplia variedad de metodologías para búsqueda y detección rápida de microorganismos productores de carbapenemasas. La elección del método debe tener como requisito una buena sensibilidad y especificidad, rapidez y costo efectividad.

Background: Carbapenemase-producing Enterobacteriaceae (CPE) have taken great importance on public health at global scale, which makes it necessary to implement rapid test for its prompt detection. Aim: To evaluate three screening methods to detect CPE in rectal swabs. Material and Methods: Transverse study, prospective. Seventy three rectal swabs were evaluated by three methodologies. Microorganism identification and susceptibility testing were made using automated systems. Carbapenemase production was confirmed by modified Hodge test and synergy tests using boronic acid and EDTA. Results: The method 1 (ChromID CARBA®) detected 20 positive samples (27.4%), 5 false positives (6.9 %), with concordance index of 93.2%, sensitivity 100% and specificity of 90%. Method 2 (HB&L Carbapenemase®) detected 17 positive samples (23.3%) and 3 false negatives (4.1%). The sensitivity and specificity of the assay were 85% and 100%, with concordance index of 95.9%. Method 3 (Xpert Carba-R®) detected 19 positive samples (57.5%) and 1 false negatives (3.1%), sensitivity 95%, specificity 100% and concordance index of 97%. Discussion: There is a wide variety of methodologies for rapid detection of carbapenemase-producing microorganisms. Choosing the best method must have as requirement a good sensitivity, specificity, and cost-effectiveness.

Comparison between Ogawa-Kudoh and modified Petroff techniques for mycobacteria cultivation in the diagnosis of pulmonary tuberculosis / Comparação entre os métodos de Ogawa-Kudoh e Petroff modificado para o cultivo de micobactérias no diagnóstico da tuberculose pulmonar

ABSTRACT Objective To compare the performance of the Ogawa-Kudoh method with the modified Petroff technique in diagnosis of pulmonary tuberculosis. Methods A total of 205 sputum samples from 166 patients with clinical suspicion or under pulmonary tuberculosis follow-up, seen at a public tertiary care hospital, from July 2014 to July 2016 were used. All samples were simultaneously processed using the Ogawa-Kudoh and modified Petroff decontamination methods, according to the recommendations of the Ministry of Health. In the statistical analysis, the McNemar test and the Kappa index were used, respectively, to compare proportions and verify agreement between data. Results The Ogawa-Kudoh and modified Petroff methods were efficient in mycobacteria detection, with no significant differences in results (p=0.549) and contamination rate of the cultures (p=0.065). The agreement between techniques was considered excellent (Kappa index of 0.877) and Ogawa-Kudoh, as compared to the modified Petroff technique, showed sensitivity of 90.4%, specificity of 96.6%, positive predictive value of 94.3% and negative predictive value of 94.2%. Conclusion The Ogawa-Kudoh technique proved to be sufficiently sensitive and specific for diagnosis of pulmonary tuberculosis, and, therefore, suitable for routine laboratory application. Since it is simple, low-cost and has less technical requirements for biosafety and professional training, Ogawa-Kudoh is an alternative for managers and healthcare professionals to promote the expansion of bacteriological diagnostic coverage of pulmonary tuberculosis.

RESUMO Objetivo Comparar o desempenho do método de Ogawa-Kudoh ao de Petroff modificado no diagnóstico da tuberculose pulmonar. Métodos Utilizaram-se 205 amostras de escarro de 166 pacientes com suspeita clínica ou controle de tuberculose pulmonar atendidos em um hospital público terciário, entre os meses de julho de 2014 a julho de 2016. Todas as amostras foram processadas simultaneamente pelos métodos de descontaminação Ogawa-Kudoh e Petroff modificado, seguindo as recomendações do Ministério da Saúde. Na análise estatística, foi empregado o teste de McNemar, para comparação de proporções, e o índice Kappa, para verificar o grau de concordância entre os dados. Resultados Os métodos Ogawa-Kudoh e Petroff modificado mostraram-se eficientes na detecção de micobactérias, não sendo verificadas discordâncias significativas tanto nas comparações de pares de resultados (p=0,549), como na taxa de contaminação das culturas (p=0,065). O grau de concordância das técnicas foi considerado excelente (índice Kappa de 0,877), e o Ogawa-Kudoh, em relação ao Petroff modificado, apresentou 90,4% de sensibilidade, 96,6% de especificidade, 94,3% de valor preditivo positivo e 94,2% de valor preditivo negativo. Conclusão O método de Ogawa-Kudoh revelou-se suficientemente sensível e específico para o diagnóstico da tuberculose pulmonar e, portanto, adequado para a aplicação na rotina laboratorial. Por ser mais simples, de baixo custo e com menores exigências técnicas de biossegurança e capacitação profissional, o Ogawa-Kudoh apresenta-se como alternativa para gestores e profissionais da área promoverem a ampliação da cobertura diagnóstica bacteriológica da tuberculose pulmonar.